O'Neill wuchs in der 12.000-Einwohner-Stadt Paso de los Toros in Zentral-Uruguay auf, explodierte bei Nacional und ging im Alter von 22 Jahren nach Italien zu Cagliari Calcio, einem Klub aus dem Tabellenmittelfeld der damals stärksten Liga der Welt.
In Italien erlebte O'Neill seine Glanzzeit. Bei Cagliari war er der herausragende Mann. Seine Fernschüsse waren gefürchtet, sein Temperament sowieso. Irisches Blut und südamerikanisches Temperament sorgten für einen Mittelfeldabräumer, den man lieber in seiner Mannschaft hatte, anstatt gegen ihn anzutreten.
Es war dabei die Mischung aus Rauhbein und Raffinesse, die O'Neill so wertvoll machte. Er konnte nämlich auch ein Spiel gestalten und glänzte mit teils genialen Ideen. In Cagliari war er Publikumsliebling, die sardischen Fans sahen in ihm einen uruguayischen Bruder.
Einen Bruder, der abseits des Rasens auch für Schlagzeilen sorgte: 1999 rammte O'Neill auf dem Höhepunkt seiner Karriere in Cagliari mit seinem Auto ein Motorrad. Zwei Menschen wurden verletzt, O'Neill beging Fahrerflucht. Es war der Vorbote dessen, was später in seinem Leben folgte.
Zunächst aber ging es noch eine Stufe auf der Karriereleiter hinauf. O'Neill wechselte Anfang 2000 zu Italiens Rekordmeister Juventus. Sein Mitspieler waren nun Zidane, Alessandro del Piero oder David Trezeguet.