Nach einem nur wenige Monate dauernden Engagement als Sportdirektor bei Ajax Amsterdam ist der 51-Jährige derzeit vereinslos.
Von 2006 bis 2017 war Mislintat als Chefscout und Leiter Profifußball beim BVB tätig. In dieser Funktion war er u.a. an den Verpflichtungen von Pierre-Emerick Aubameyang, Ousmane Dembélé und Shinji Kagawa beteiligt. Anschließend war Mislintat für den FC Arsenal und von 2019 bis 2022 für den VfB Stuttgart tätig.