ต้นกำเนิดของ เซเรโซ โอซาก้า นั่นคือ Yanmar Diesel Soccer Club จากนั้นในปี 1993 ก็มีการก่อตั้งบริษัท โอซาก้า ฟุตบอล คลับ ขึ้นมา โดยมี Yanmar Diesel Soccer Club เป็นบริษัทแม่ ก่อนที่จะมีการใส่คำว่า Cerezo (เซเรโซ) เข้าไปในชื่อสโมสรด้วย โดยเป็นคำในภาษาสเปนที่แปลว่า ดอกซากุระ ซึ่งเป็นดอกไม้ประจำเมืองโอซาก้านั่นเอง
เซเรโซ โอซาก้า คว้าแชมป์ JFL (เจแปน ซอคเกอร์ ลีก) ในปี 1994 และได้เข้ามาเล่นบนเจลีกในปี 1995 ซึ่งฤดูกาลแรกในลีกอาชีพสูงสุดของประเทศญี่ปุ่น เซเรโซ จบอันดับที่ 8 โดยที่ ฮิโรอากิ โมริชิมะ กองหน้าตัวเก่งของทีมยิงได้ 11 ประตู และมีชื่อติดทีมยอดเยี่ยมประจำปีนั้นด้วย ก่อนที่เขาจะก้าวมาเป็นประธานสโมสรของ เซเรโซ โอซาก้า อยู่ในปัจจุบัน
Cerezo Osakaต่อมาในปี 1998 โมริชิมะ กลายเป็นกัปตันทีมในปีนั้น และยิงไปถึง 18 ประตู รวมถึงสร้างสถิติยิงได้ติดต่อกันใน 7 นัดแรกอีกด้วย จนทำให้ถูกเรียกติดทีมชาติญี่ปุ่นชุดลุยศึกฟุตบอลโลกครั้งแรกในประวัติศาสตร์ของประเทศเมื่อปี 1998 ที่ฝรั่งเศส ขณะที่ฟุตบอลโลกครั้งต่อมาในปี 2002 ที่ญี่ปุ่นและเกาหลีใต้เป็นเจ้าภาพร่วมกัน โมริชิมะ รวมถึง อาคิโนริ นิชิซาวะ กองหน้าคู่ขาของเขา ก็ได้เป็นสมาชิกของทีมชาติญี่ปุ่นชุดนั้น เช่นเดียวกับกองกลางอย่าง ยุน จง-ฮวาน (ปัจจุบันเป็นโค้ชของ เจฟ ยูไนเต็ด) ก็ถูกเรียกติดทีมชาติเกาหลีใต้ด้วย
ในศึกฟุตบอลโลกเมื่อปี 2002 โมริชิมะ ทำประตูสำคัญได้ในนัดสุดท้ายของรอบแบ่งกลุ่มที่ชนะตูนิเซีย 2-0 ซึ่งเกมนี้ลงเล่นในสนามนางาอิ สเตเดี้ยม รังเหย้าของ เซเรโอ โอซาก้า อีกด้วย โดยเขาถือเป็นนักเตะตัวหลักที่พาญี่ปุ่นทะลุเข้าไปได้ถึงรอบ 16 ทีมในทัวร์นาเมนต์นั้น
ต่อมาในปี 2010 แม้ว่าทีมจะเสีย ชินจิ คางาวะ ซึ่งย้ายไปอยู่กับโบรุสเซีย ดอร์ทมุนด์ แต่ก็ยังมีแกนหลักอย่าง ทาคาชิ อินุอิ (ปัจจุบันเพิ่งแยกทางกับเออิบาร์) รวมถึง ฮิโรชิ คิโยตาเกะ (ปัจจุบันกลับมาอยู่เซเรโซอีกครั้ง และได้เป็นกัปตันทีมด้วย หลังเคยไปเล่นในยุโรปกับเนิร์นแบร์ก, ฮันโนเวอร์ และเซบีญา) เป็นแกนหลักในปีนั้น และพาทีมทำผลงานได้น่าประทับใจ
เซเรโซ โอซาก้า จบอันดับ 3 ในปี 2010 ซึ่งถือผลงานดีที่สุดในเจลีกของสโมสรด้วย รวมถึงยังคว้าตั๋วได้ไปเล่นในเอเอฟซี แชมเปี้ยนส์ ลีก ในปี 2011 ซึ่งพวกเขาผ่านรอบแบ่งกลุ่มได้เข้าสู่รอบน็อคเอาท์ ด้วยการเป็นรองแชมป์กลุ่ม G ก่อนจะได้ทำศึกโอซาก้าดาร์บี้แมตช์กับ กัมบะ โอซาก้า ในรอบ 16 ทีม และเอาชนะไปได้ 1-0 ผ่านเข้าไปถึงรอบ 8 ทีม ก่อนจะไปแพ้ให้แก่ ชุนบุค ฮุนได มอเตอร์ส
ตลอดประวัติศาสตร์สโมสรที่ผ่านมา เซเรโซ โอซาก้า ได้ปลุกปั้นผู้เล่นฝีเท้าดีมากมายให้กับญี่ปุ่น นอกจากนี้ผู้เล่นชาวญี่ปุ่นจำนวนมากได้เริ่มต้นอาชีพการเล่นฟุตบอลอาชีพที่ เซเรโซ โอซาก้า หรือเติบโตขึ้นมาจากอะคาเดมี่ของสโมสร
Cerezo Osakaดาวดังอย่าง ชินจิ คางาวะ เข้ามาอยู่กับสโมสรตั้งแต่อายุเพียงแค่ 17 ปี ก่อนจะย้ายไปโด่งดับโบรุสเซีย ดอร์ทมุนด์ รวมถึงแมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ด นอกจากนี้ เซเรโซ ยังส่งออกนักเตะไปค้าแข้งในยุโรปมากมายทั้ง ทาคาชิ อินุอิ ที่เคยเล่นทั้งในบุนเดสลีกาและลาลีกา รวมถึง ทาคุมิ มินามิโนะ ที่เล่นให้ลิเวอร์พูลและเซาแธมป์ตัน พวกเขาจึงเปรียบเสมือนสโมสรฟุตบอลที่คอยปลุกปั้นนักเตะชั้นดีป้อนให้ทั้งสโมสรในญี่ปุ่นด้วยกันเอง รวมถึงการปล่อยไปโลดแล่นในลีกยุโรป
ในปี 2017 เซเรโซคว้าแชมป์ฟุตบอลถ้วยได้ถึง 2 รายการ นั่นคือลูวาน คัพ และเอ็มเพอเรอร์ส คัพ ซึ่งถือเป็นการประสบความสำเร็จสูงสุดหลังจากรอคอยมานาน จากนั้นในปี 2018 ฮิโรอากิ โมริชิมะ ตำนานกองหน้าผู้อยู่กับสโมสรมาตั้งแต่วันก่อตั้ง และเป็นเจ้าของฉายา "มิสเตอร์เซเรโซ" ได้ก้าวขึ้นมารับตำแหน่งประธานสโมสร ขณะที่เสื้อหมายเลข 8 ที่เขาเคยสวมใส่สมัยค้าแข้งกับสโมสร ก็ถูกยกเลิกไม่ให้มีใครได้สวมใส่อีก เพื่อเป็นเกียรติแก่เขาด้วย
ขณะที่ในปี 2010 เซเรโซจบอันดับ 4 ในเจลีก ทำให้ได้โควตาไปเล่นเอเอฟซี แชมเปี้ยนส์ ลีก 2021 ซึ่งก็สามารถผ่านเข้ารอบแบ่งกลุ่มได้ด้วยการเป็นแชมป์กลุ่ม J และในปีนี้พวกเขาก็หวังจะคว้าแชมป์เจลีกเป็นครั้งแรกให้ได้