บีจี ปทุม ยูไนเต็ด ประกาศคว้าตัว เอกนิษฐ์ ปัญญา ดาวเตะดีกรีทีมชาติไทยวัย 25 ปี เข้ามาร่วมทัพอย่างเป็นทางการ ก่อนปล่อยให้ เอฮิเมะ เอฟซี ทีมในศึกเจลีก 2 ประเทศญี่ปุ่น ยืมตัวไปใช้งานในฤดูกาล 2025
สำหรับ เอกนิษฐ์ ปัญญา เคยย้ายไปร่วมทีม อุราวะ เรดส์ ทีมดังในศึกเจลีก 1 ประเทศญี่ปุ่น ด้วยสัญญายืมตัวเป็นระยะเวลา 1 ปีครึ่ง ช่วงระหว่างเดือน กรกฎาคม 2023 ถึง ธันวาคม 2024 พร้อมทำสถิติลงสนาม 22 นัดในทุกรายการ ทำไป 1 ประตู กับ 2 แอสซิสต์
ล่าสุดเจ้าตัวได้โอกาสกลับไปลุยฟุตบอลลีกญี่ปุ่นอีกครั้งกับสโมสร เอฮิเมะ เอฟซี ทีมในศึกเจลีก 2 ประเทศญี่ปุ่น ด้วยสัญญายืมตัวจากสโมสรบีจี ปทุม ยูไนเต็ด โดย เอกนิษฐ์ ปัญญา กล่าวถึงการกลับไปเล่นฟุตบอลที่ประเทศญี่ปุ่นอีกครั้งว่า
"ขอบคุณสำหรับโอกาสในครั้งนี้ จะตั้งใจทำให้เต็มที่ เพื่อโอกาสในการลงสนามอย่างต่อเนื่อง ฝากแฟนบอลชาวไทย และ แฟนบอลเอฮิเมะ ให้กำลังใจผมด้วยครับ ผมจะช่วยทีมให้ได้มากที่สุด"