Escribir "Fernando Gago" y "lesión", en cualquier buscador, puede arrojar un cúmulo de noticias que parecen infinitas. Desde la época en que defendía los colores de Real Madrid, Pintita sufrió decenas de lesiones que lo dejaron durante mucho tiempo fuera de las canchas. La última, que lo llevó a rescindir su contrato con Boca y parecía marcar su adiós definitivo al fútbol, había sido la rotura del tendón de Aquiles en la final de la Copa Libertadores de 2018 frente a River, el mismo rival contra el que había padecido otras dos veces la misma dolencia.
Sin embargo, el mediocampista no se rindió y decidió volver a las canchas, esta vez con la camiseta de Vélez, con la cual sufrió una nueva lesión de gravedad que tampoco lograba vencerlo, ya que regresó junto con la reanudación del fútbol post pandemia, pero apenas aguantó dos semanas y, cansado del día a día, decidió ponerle fin a su carrera.
Los problemas físicos que sufrió Gago en el último tiempo y que finalmente lo llevan al retiro,aunque en este caso no fuera por uno puntual sino por el cansancio de todo lo que vivió, fueron todos de gravedad. Pero sus lesiones comenzaron en su época en el Merengue: a partir de la llegada de José Mourinho, el argentino empezó a perder la titularidad debido a una serie de desgarros y, sobre todo, a un esguince severo del ligamento lateral de la rodilla izquierda.
Su maleficio no terminó pronto, está claro. Si bien en Roma, cuando jugó al lado de Totti, logró recuperar su mejor versión física (a pesar de una gran torcedura que debió soportar su rodilla derecha, pocos meses después de fichar con el club italiano), la poca fortuna continuó acompañándolo, haciéndole marca personal. Ya en Valencia, los fantasmas reaparecieron con fuerza y volvió a mirar varios encuentros desde la tribuna, gracias a los repetitivos problemas que acumulaban sus piernas.
Su retorno al país, en el verano de 2013, para jugar en Vélez, no fueron tampoco los deseados. Su físico continuó fallando y frenando la marcha: por distintos problemas musculares, sólo pudo disputar 9 de los 29 partidos que tuvo el conjunto de Liniers durante el único semestre que estuvo en el club (entre Copa Libertadores y certamen local).
Para la segunda parte de ese 2013 regresaría a Boca, donde los desgarros y los diferentes problemas musculares se hicieron moneda corriente. De hecho, su vuelta al equipo que lo vio nacer futbolísticamente estuvo acompañada por un nuevo desgarro , y tardó cinco fechas en debutar con la camiseta azul y amarilla. Esta segunda etapa en la Ribera estuvo marcada por las peores lesiones de su carrera: se rompió tres veces el tendón de Aquiles contra River, además de la rotura de ligamentos que sufrió jugando para la Selección en 2017.
Pero la maldición comenzó antes. En abril de 2014, ante Colón, sufrió una distensión de ligamento en su rodilla izquierda por la que casi se pierde el Mundial . Ya en Brasil, después de todo, pudo estar, pero, a su vuelta, en el Torneo de Transición, una distensión en el músculo pectíneo de la cadera lo apartó nuevamente del césped.
En noviembre de ese año, en un Superclásico por la vuelta de la semifinal de la Copa Sudamericana, en el que Boca quedó eliminado, Pintita salió a los 41 minutos del primer tiempo por una distensión en el aductor derecho que lo dejó sin jugar hasta 2015, año en el que sufrió la primera lesión en el tendón.
Dicha temporada comenzó con un desgarro en el recto anterior del muslo derecho, sufrido en marzo ante Defensa y Justicia. Y terminó de la peor manera: el 13 de septiembre de 2015, en el Monumental, Gago dejó el campo de juego a los 28 segundos de comenzado el encuentro. Luego, se confirmaba lo peor, la rotura de su tendón de Aquiles izquierdo. Después de ser operado y tras cinco meses de recuperación, el volante volvía a jugar por el Torneo de Primera División ante Temperley.
Luego llegaría otro duro golpe. El 24 de abril de 2016, otra vez frente a River en La Bombonera, Gago se tiró al piso con claras muestras de dolor tras un forcejeo con Alario y a las pocas horas se confirmaba una nueva mala noticia para él y para todo Boca: otra vez se había roto el tendón de Aquiles izquierdo. Después de seis meses y una nueva intervención quirúrgica, Gago volvió a las canchas una vez más. Primero lo hizo en un partido de Reserva , luego fue titular contra San Lorenzo el 27 de noviembre de aquel año y rápidamente se convirtió en figura.
Tan buen nivel mostró el mediocampista desde su regreso que, casi un año después de su vuelta, se ganó el regreso a la Selección argentina. Pero la alegría por la convocatoria de Jorge Sampaoli rápidamente se convertiría en un nuevo calvario. El 5 de octubre de 2017, pocos minutos después de haber ingresado en el partido contra Perú, Pintita realizó un mal movimiento cuando intentó girar y al instante supo que era de gravedad: "Me rompí los cruzados", le dijo a Lionel Messi dentro de la cancha. Poco después se confirmó la lesión en el ligamento cruzado lateral interno de la rodilla derecha,
A pesar de ese nuevo golpe y de un nuevo paso por el quirófano, el volante no bajó los brazos y se propuso recuperarse en tiempo récord para tener chances de llegar al Mundial. Y parecía que lo lograría: apenas cuatro meses y medio después de la operación, el 1 de marzo de 2018, Gago recibió el alta médica y comenzó a entrenarse a la par de sus compañeros. Sin embargo, la esperanza duró menos de una semana.
El martes 6 de marzo, durante la práctica, el volante sintió dolores en la rodilla operada y fue sometido a nuevos estudios, que confirmaron un desprendimiento en las adherencias del ligamento reparado. Tuvo que esperar más de un mes hasta que el 9 de abril, día en que cumplió 32 años, pudo volver a entrenarse con normalidad y, una semana después, integrar la práctica de fútbol. Sin embargo, al día siguiente volvió a quedar apartado. El 5 de mayo volvió a las canchas: jugó 45 minutos en la Reserva ante Unión y, una semana más tarde, jugó sus primeros minutos en Primera contra Huracán.
Pasada la oportunidad de jugar el Mundial de Rusia, en aquella pretemporada en Estados Unidos de mediados de 2018, Gago debía ponerse a punto, parallegar a la par de sus compañeros al inicio de la temporada. Con la mira puesta en la ida de los octavos de final de la Copa Libertadores, se cuidó de hacer trabajos de intensidad y, así, llegar al cien por ciento. Sin embargo, en el primer amistoso informal ante Miami United sufrió una molestia y no pudo terminar el partido. Se volvió a Buenos Aires y, tras realizarse algunos estudios, se confirmó que sufrió un desgarro que lo apartó de las canchas nuevamente y puso un signo de interrogación sobre su continuidad en la actividad profesional. Sin embargo, decidió seguir dando pelea, hasta que llegó la lesión en la final de la Copa.
Su temperamento y sus ganas de que su historia no se cerrara con aquella imagen en Madrid lo llevaron a continuar su recuperación. Ya alejado de Boca, su amigo Gabriel Heinze decidió apostar por él: a mitad de 2019 firmó un contrato con el Fortín, atado a su productividad. Después de realizar una buena preparación, Pintita debutó oficialmente el 24 de agosto, en la cuarta fecha de la Superliga 2019/20, y rápidamente se ganó la titularidad.
Pero tardaría 13 partidos en volverse a lesionar: el 30 de enero, en Liniers, frente a Aldosivi por la Superliga, sufrió una rotura de la plastia, el injerto colocado en el ligamento de la rodilla derecha en una cirugía anterior. 45 días después se detuvo el fútbol por la pandemia y su recuperación fue en su casa junto a su familia, debatiendo entre seguir o el retiro. Finalmente renovó con Vélez, sufrió un dolor en la cadera tras un amistoso con Lanús, jugó por Copa Sudamericana y 48 horas después de sumar 45 minutos ante Gimnasia, lejos de su nivel, se conoció la noticia del final de una carrera que las lesiones se encargaron de complicar.