Fue una derrota ante el Bayern la que condenó al predecesor de Alonso, Gerardo Seoane. El técnico tuvo un mal comienzo de temporada en la Bundesliga con el Leverkusen, ya que su equipo sólo ganó uno de sus primeros ocho partidos. Había esperanzas de que un resultado contra el Bayern pudiera salvar las cosas y tal vez incluso impulsar un cambio improbable.
Pero el Leverkusen fue derrotado. El Bayern se puso arriba 1-0 en cinco minutos y al descanso ya había marcado tres. Seoane fue despedido una semana después y Alonso fue anunciado como nuevo entrenador en 24 horas.
Es cierto que las expectativas eran bajas. Alonso, en ese momento, sólo había trabajado en el filial de la Real Sociedad. Se trataba de un entrenador inexperto pero bien considerado, uno del que no necesariamente se esperaba que tuviera un éxito inmediato para un club con ambiciones europeas. Pero Alonso, que fue dirigido por técnicos como Rafa Benítez, Pep Guardiola, José Mourinho y Carlo Ancelotti durante su carrera, rápidamente demostró que estaba más que a la altura de la tarea.
Leverkusen derrotó al Schalke en su primer partido al mando, superando por cuatro a los favoritos al descenso. Los resultados fueron irregulares durante el resto del año calendario, pero las victorias sobre Unión Berlín y Colonia, combinadas con un empate 2-2 con el Atlético de Madrid en la Liga de Campeones, demostraron que Leverkusen ciertamente podía tener éxito.
Moussa Diaby, que alguna vez fue un auténtico niño prodigio que parecía haber perdido el rumbo, volvió a estar en forma. Y junto al eléctrico lateral Jeremie Frimpong, hicieron que el Leverkusen se convirtiera en un equipo peligroso en transición.
Pero fue en el otro extremo donde las mejoras del Leverkusen fueron más evidentes. Estaban sangrando goles con Seoane, concediendo más de dos por partido antes de que lo despidieran. Alonso redujo ese número, usando una defensa de tres centrales que hizo que el Leverkusen se volviera mucho más confiable atrás.