Apenas cinco meses después de su llegada a Arabia Saudí, surgieron informes de que Durán podría marcharse tras no haber conseguido adaptarse al Al-Nassr, a pesar de haber marcado 12 goles en solo 18 partidos. A pesar de que hasta seis clubes diferentes le ofrecieron la oportunidad de volver a la Premier League, el delantero centro volvió a optar por la opción más lucrativa y se marchó a Turquía para fichar por el Fenerbahçe de José Mourinho en calidad de cedido.
El gigante de la Super Lig hizo un gran esfuerzo para conseguir a su hombre, y su director deportivo incluso voló a Medellín para mantener conversaciones cara a cara con el fin de convencer a Durán de que los eligiera a ellos en lugar de regresar a Inglaterra, según The Athletic. Mientras tanto, su propuesta al Al-Nassr era que podría recuperar su valor de mercado a lo largo de una temporada en Turquía, en lugar de ser vendido con una vergonzosa pérdida ese verano.
Sin embargo, una vez más, las cosas no salieron según lo previsto. Se rumoreó que Mourinho estaba molesto porque el entonces jugador de 21 años no se había presentado el primer día de los entrenamientos de pretemporada, y la prensa española le atribuyó unas declaraciones en las que calificaba a Durán de «irrespetuoso». Sin embargo, el Fenerbahçe negó que el entrenador hubiera hecho tal declaración, aunque pareció admitir que el jugador había llegado tarde. Aún no está claro si eso fue acordado previamente. «Las declaraciones realizadas por nuestro entrenador, José Mourinho, en la prensa extranjera sobre nuestro jugador Jhon Durán son completamente falsas», afirmaron. «Nuestro entrenador no ha hecho ninguna declaración al respecto. Nuestro jugador llegó a Portugal esta tarde para incorporarse a la concentración de nuestro equipo en el Algarve».
Mourinho fue despedido solo un mes después del inicio de la nueva temporada, tras no conseguir la clasificación para la fase final de la Liga de Campeones. Su destitución coincidió con un problema de inflamación ósea que mantuvo a Durán fuera de juego desde finales de agosto hasta principios de noviembre, lo que obligó al recién elegido presidente del club, Sadettin Saran, a desmentir los sensacionales rumores de que el delantero fingía una lesión porque no quería jugar, molesto por la decisión de despedir al famoso técnico portugués. «Jhon Durán tiene una lesión real. Hablé con su médico en España y revisé los resultados de su resonancia magnética. Volverá con nosotros en unas semanas», declaró Saran en una rueda de prensa en octubre.
Cuando estuvo disponible, Durán fue mucho menos prolífico, en medio de informes de que volvía a tener problemas mentales, y solo marcó cinco goles en 21 partidos, mientras que su actitud también era un problema. A pesar de estos problemas, se esperaba que terminara la temporada en Estambul, pero a principios de febrero rescindió repentinamente su contrato de cesión con el Fenerbahçe y se sumió aún más en el olvido.