Hasta su coronación en la Europa League 2023-24, en el palmarés de la Atalanta aparecía solamente un título deCoppa Italiaconseguido en la temporada1962-63.
En el plano continental, había alcanzado las semifinales de la Recopa de Europa en 1988, cuando jugaba en Serie B.
Ostenta también seis títulos de Segunda División (es la escuadra que más ocasiones ha ganado un campeonato de segunda división italiana) y uno de Tercera División.
| Competición nacional | Títulos | Subcampeonatos |
|---|
| Europa League | 2023-24 | - |
| Copa de Italia (1/5) | 1962-63. | 1986-87, 1995-96, 2018-19, 2020-21, 2023-24. |
| Segunda División de Italia (6/4) | 1927-28, 1939-40, 1958-59, 1983-84, 2005-06, 2010-11. | 1936-37, 1970-71, 1976-77, 1999-00. |
| Tercera División de Italia (1/0) | 1981-82. |