Tras jugar una temporada para el Como y dirigir al equipo de manera interina en cinco partidos en 2023, Fàbregas regresó al Stadio Giuseppe Sinigaglia como entrenador a tiempo completo antes de la temporada 2024-25, logrando que el club ascendiera a la Serie A. En su debut en la máxima categoría, el joven de 38 años guió al Como hasta un respetable décimo puesto, con victorias sorprendentes ante equipos de mayor envergadura.
A principios de este verano, sin embargo, surgieron especulaciones sobre una posible salida del exinternacional español. Equipos de la Bundesliga como Bayer Leverkusen y RB Leipzig mostraron interés, mientras que el Inter llegó a considerar seriamente nombrarlo como su nuevo entrenador tras la salida de Simone Inzaghi tras la humillación en la final de la Champions League. En junio, el presidente Surwaso dejó claro que no permitirán que Fàbregas abandone el Como.