Zwei Tage vor Saisonbeginn hatte sich Courtois das Kreuzband gerissen und wurde anschließend operiert. Als Ersatz liehen die Königlichen Kepa vom FC Chelsea für eine Saison aus.
Im Juni hatte Courtois mit Belgiens neuem Nationaltrainer Domenico Tedesco einen öffentlichen Disput. Der Coach hatte für ein EM-Quali-Spiel gegen Österreich Romelu Lukaku zum Kapitän der Roten Teufel bestimmt. Nach Tedescos Angaben hatte diese Entscheidung Courtois schwer getroffen, der danach abgereist war. Der Keeper warf Tedesco hinterher vor, Gespräche aus der Kabine an die Öffentlichkeit getragen zu haben.