Ndombélé wurde in Longjumeau im Süden von Paris geboren und begann in Epinay-sous-Senart, ebenfalls südlich des Zentrums, mit dem Kicken. Nach einigen Jahren bei kleinen Klubs ging es für ihn mit 14 ins Nachwuchsleistungszentrum nach Guingamp. Dort blieb er drei Jahre und probierte es dann mit 17 beim SC Amiens. Dort stieg er in der Saison 2016/17 zum Stammspieler auf, sodass Olympique Lyon auf ihn aufmerksam wurde. Zunächst wurde er von OL ausgeliehen, dann für acht Millionen Euro fest verpflichtet.
Ein Geschäft, das sich für Lyon auszahlte, denn nur ein Jahr später legte Tottenham 60 Millionen Euro für Ndombélé auf den Tisch. Bei den Spurs konnte er sich jedoch nicht richtig durchsetzen, sodass er für die aktuelle Saison an die SSC Neapel verliehen ist. Aber auch dort ist er nur Ergänzungsspieler.