Für Felix stellte sich schon früh die Frage, wie er den Abwärtstrend seiner Karriere stoppen kann. Zwar zeigte er sich im zweiten Jahr verbessert, blieb aber weiter hinter den Erwartungen zurück, die sein Talent und die hohe Ablösesumme nach sich zogen. Von der Leichtigkeit und Unbekümmertheit, mit der er bei Benfica die Herzen vieler Fußballfans gewann, war wenig zu sehen.
Trotzdem etablierte sich Felix zumindest auf einem guten Niveau, wurde in der Saison 2021/22 trotz Verletzungen und zwei Sperren sogar zum Spieler der Saison von den Fans gewählt – auch wenn Atletico insgesamt keine überragende Saison spielte. Was dem Klub Hoffnung gab, dass der Durchbruch jetzt bald folgen könnte, entpuppte sich aber als letztes kleines Hoch.
In der Folgesaison rutschte Felix in der Hierarchie ab, kam immer weniger zum Einsatz. Medial gab es immer häufiger die Spekulation, dass sein Verhältnis zu Simeone beschädigt sei. Was von Hauptaktionär Miguel Angel Gil Marin im Gespräch mit A Bola auch bestätigt wurde: "Aus Gründen, auf die ich nun nicht eingehen werde, ist das Verhältnis zwischen Felix und Diego Simeone schlecht. Auch hege ich Zweifel an der Motivation des Spielers."
Nach einer Verlängerung bei Atletico entwickelte sich der Portugiese zum Wandervogel. Leihen zum FC Chelsea und zum FC Barcelona verliefen erfolglos. Trotzdem entschieden sich die Blues 2024 dazu, Felix für satte 52 Millionen Euro zu verpflichten – nur um ihn im Februar 2025 nach abermalig durchwachsenen Leistungen an die AC Mailand zu verleihen.