Guardiola erhielt Unterstützung von seinem Freund, dem Wasserball-Olympiasieger Manel Estiarte, der im Fernsehen eine Meldung sieht, laut der der menschliche Körper selbst erhöhte Werte Nandrolon erzeugen könne. Guardiola ging in Berufung und erreichte 2009 in letzter Instanz einen Freispruch.
Wie die Doping-Affäre um Guardiola inklusive des Freispruchs zu bewerten ist, darüber gibt es allerdings bis heute verschiedene Ansichten, denn: Eine plausible Begründung für den Freispruch ist nach ZEIT-Informationen in den Urteilen nicht zu finden. In der ersten Beurteilung habe es jedoch geheißen, dass das Nandrolon in Guardiolas Körper "nicht einer endogenen Produktion" zugeschrieben werden könne. Die Werte seien "völlig inkompatibel" mit einer Produktion durch den eigenen Organismus.
Auch der MDR kam 2013, bei Guardiolas Amtsantritt beim FC Bayern, zu einer anderen Sichtweise: "Teure Anwälte schleppten das Verfahren acht Jahre hin, bis zum Entsetzen der Staatsanwaltschaft ein Freispruch dritter Klasse stand, ein Mix aus Verjährung und einem simplen Verfahrensfehler", hieß es in dem Beitrag des Senders.
Guardiola spielte später noch für die Roma, den katarischen Klub Al-Ahli und Dorados Sinaloa in Mexiko, ehe er 2006 seine Laufbahn beendete und wenig später eine der erfolgreichsten Trainerkarrieren überhaupt startete. Bis heute gewann der 55-Jährige mit Barca, Bayern München und seinem aktuellen Klub Manchester City insgesamt 39 Titel.