ترك مورينيو أثره أيضًا في تشيلسي، حيث فاز بلقبين، الدوري الإنجليزي الممتاز في ثلاث سنوات، ولكنه تمت إقالته بعد انخفاض المستوى في بداية موسم 2007-2008. وفي العام التالي، قبل تحدياً جديداً في إيطاليا، بعد استبداله روبيرتو مانشيني في إنتر.
توج إنتر بلقب الدوري الإيطالي، للموسم الرابع على التوالي بالعام الأول لمورينيو، لكنه لم يُعين للمضي قدمًا في السيطرة المحلية. رئيس النادي موراتي، كان يريد الفوز بدوري أبطال أوروبا. حيث أقصى مانشستر يونايتد حامل اللقب إنتر في دور الـ16، خلال طريقه إلى بلوغ النهائي في نسخة 2008-2009 من البطولة. لكن مورينيو عاد بقوة.
فقد إنتر نجوماً كبارًا مثل أدريانو، وهيرنان كريسبو، ولويس فيجو، لكن مورينيو أضاف دييجو ميليتو، وتياجو موتا، وويسلي سنايدر، إلى صفوفه قبل الموسم الثاني له. بدأوا بشكل سيئ في دور المجموعات بدوري أبطال أوروبا، حيث فازوا بمباراة واحدة فقط من أصل خمس مباريات، وتلقوا خسارة مدمرة 2-0 أمام برشلونة في الجولة الخامسة.
وتغلب إنتر في دور الـ16، على فريق مورينيو السابق تشيلسي، في سان سيرو، وستامفورد بريدج ليصل إلى دور الثمانية، وتجاوز موسكو، ليواجه برشلونة في نصف النهائي. كان النادي الإسباني، يسعى للفوز بلقب دوري الأبطال للمرة الثانية على التوالي تحت قيادة بيب جوارديولا، ولم يكن يتوقع كثيرون أن يسبب إنتر المشاكل بعد لقاءات دور المجموعات.
لكن مورينيو كان يؤمن بفريقه. سجل بيدرو هدفاً مبكراً لبرشلونة في المباراة الأولى في سان سيرو، لكن إنتر قدم عرضًا رائعًا للعودة، والفوز 3-1.سنايدر ومايكون وميليتو.
أظهر إنتر مرونة أكبر في المباراة الثانية في كامب نو، حيث اضطر للعب لأكثر من ساعة، بعشرة لاعبين، بعد أن تم طرد موتا ببطاقة حمراء بسبب تدخله مع سيرجيو بوسكيتس. شعر الضيوف بالظلم بسبب القرار، حيث أظهرت إعادة اللقطات أن هناك اتصالًا ضئيلًا، لكنها زادت إصرارهم فقط.
سجل جيرارد بيكيه هدفًا ليصل الأمر لنهاية مثيرة، لكن رجال مورينيو تماسكوا لتحقيق فوز مذهل بنتيجة 3-2. بعد أن أبقوا ليونيل ميسي وزملائه هادئين، بدا وكأن اسمهم مكتوب على الكأس.
وأمام بايرن ميونخ في النهائي بملعب سانتياجو برنابيو، مع تسجيل هدفين رائعين. أصبحت النتيجة 2-0، وكان إنتر أول نادٍ إيطالي في التاريخ يحقق الثلاثية، حيث قادهم مورينيو أيضًا إلى لقب آخر في الدوري الإيطالي، وكأس إيطاليا.
لا يوجد موسم واحدة يجسد ما يميز مورينيو، أكثر من موسم 2009-2010. كان الأفضل بالنسبة له ولإنتر، الذين سيأملون في توجيه نفس الروح، عند عودتهم إلى نهائي دوري الأبطال أمام مانشستر سيتي في 10 يونيو.