جواو فيليكس بدأ مسيرته في الفئات السنية للعملاق البرتغالي بورتو؛ لينتقل بعدها إلى بادرونيسي ثم الغريم التاريخي بنفيكا، الذي تدرج في مختلف فئاته السنية حتى وصل للفريق الأول.
وتألق فيليكس مع بنفيكا بشكلٍ كبير للغاية؛ حيث لفت أنظار العالم إليه، قبل أن ينجح نادي أتلتيكو مدريد في التعاقد معه صيف 2019، في واحدة من أغلى الصفقات تاريخيًا "127.2 مليون يورو".
ولم يبرز النجم البرتغالي الشاب بشكلٍ كبير مع أتلتيكو مدريد؛ ليخرج معارًا إلى تشيلسي ثم برشلونة - على التوالي -، في الفترة من يناير 2023 إلى صيف 2024.
وبصيف 2024.. قام الفريق الإسباني ببيع جواو فيليكس إلى تشيلسي نهائيًا، مقابل 52 مليون يورو؛ قبل أن يعيره العملاق الإنجليزي إلى ميلان في الميركاتو الشتوي "2025".
وأخيرًا.. انتقل فيليكس البالغ من العمر 25 سنة، في الميركاتو الصيفي الحالي، من تشيلسي إلى فريق النصر الأول لكرة القدم؛ مقابل 30 مليون يورو بالإضافة إلى 20 مليونًا أخرى مكافآت، حسب العديد من التقارير.