Javier Cortés es transferido de Pumas a Santos en el Draft de la Liga MX que se realiza en Cancún, México, así lo anunció el equipo lagunero en su cuenta de Twitter.
El volante debutó en el Apertura 2008 con los auriazules y nunca había salido del equipo con el que ganó dos ligas (Clausura 2009 y Clausura 2009) y fue subcampeón en el Apertura 2015.
Su paso por Pumas le permitió ganarse un lugar en la proceso de la Selección olímpica que ganó el oro en Londres 2012.