Marcos Rojo llegó a Boca para aportarle jerarquía a la zaga central y, además, tener influencia en el plantel. Desde su arribo siempre fue importante en el equipo siendo clave en duelos trascendentes. Los Superclásicos no fueron la excepción, puesto que tiene un récord positivo.
Con la azul y oro ha jugado seis veces ante River. Le ganó en dos oportunidaes, perdió una vez y empató tres, de las cuales dos terminarían siendo victorias xeneizes por penales (Copa Argentina y Copa de la Liga). Por otro lado, sufrió dos expulsiones: una en el Monumental, en el único partido que perdió, y otra en La Bombonera al final del duelo.
Los partidos de Marcos Rojo vs. River en detalle:
| Fecha | Partido | Competición |
| 14/03/2021 | Boca 1-1 River | Copa de la Liga |
| 16/05/2021 | Boca 1-1 (4-2) River | Copa de la Liga (Playoffs) |
| 05/08/2021 | Boca 0-0 (4-1) River | Copa Argentina |
| 03/10/2021 | River 2-1 Boca | Torneo de la Liga |
| 21/03/2022 | River 0-1 Boca | Copa de la Liga |
| 11/09/2022 | Boca 1-0 River | Torneo de la Liga |
