بدأ مرتضى عمله في الزمالك عام 1992 كعضو مجلس إدارة، قبل أن يتولى منصب نائب الرئيس "كمال درويش" في عام 1996.
بينما اعتلى منصب رئاسة القلعة البيضاء لأول مرة عام 2005 قبل أن يتم حل مجلسه في ديسمبر من العام ذاته بقرار من وزارة الرياضة.
وفي عام 2014 عاد لرئاسة الزمالك من جديد بعد فوزه بالانتخابات ثم تجدد فوزه في انتخابات 2017، لكن في عام 2020 تم حل مجلسه من قبل اللجنة الأولمبية المصرية، على خلفية الشكاوى التي قدمها ضده محمود الخطيب؛ رئيس الأهلي.
وفي نوفمبر 2021 عاد مرتضى رئيسًا للزمالك لحين إجراء انتخابات جديدة، والتي فاز بها بالفعل في عام 2022 قبل أن تقرر المحكمة الإدارية العليا في يوليو 2023 عزله من منصبه، على خلفية مشاكل إدارية ومالية.