La segunda eliminatoria sorteada el viernes 20 de diciembre y que se disputará el 12 de enero de 2020 con 56 clasificados y donde se medirán los equipos de Segunda "B, Tercera o Territorial con los ganadores de Primera y Segunda, disputándose el partido de ida en el de categoría inferior.
Después llegará la ronda de dieciseisavos de final que se disputará el 22 de enero de 2020 y ahí es donde donde entran los cuatro participantes de la Supercopa (Atlético de Madrid, Barcelona, Real Madrid y Valencia) y se seguirá emparejando a los equipos de Segunda B, Tercera o Territorial con los clasificados de Primera y Segunda.
Posteriormente llegarán los octavos de final que tendrán lugar el 29 de enero de 2020 con los mismos criterios de sorteo. De ahí saldrán los ocho equipos que jugarán los cuartos de final el 5 de febrero de 2020 en un sorteo puro que se disputará en el campo del equipo que sea de menor categoría.
Las semifinales se jugarán el 12 de febrero y 4 de marzo de 2020 , ida y vuelta respectivamente. Son ya a doble partido, conservando el sorteo puro mientras que la final será el 18 de abril de 2020.