Alonso asumió el mando en el Bayer Leverkusen a finales de 2022, cuando el club coqueteaba con el descenso. El excentrocampista del Liverpool, Bayern Múnich y Real Madrid transformó instantáneamente a Leverkusen de luchadores por el descenso a uno de los equipos más entretenidos de la Bundesliga, llevándolos a terminar en sexto lugar y a las semifinales de la Europa League en su primera temporada al más alto nivel.
Luego llegó la histórica temporada 2023-24, donde Leverkusen se deshizo de su infame apodo 'Neverkusen' al mantenerse invicto hasta asegurar su primer título de liga. Además, ganaron la DFB-Pokal y terminaron como subcampeones en la Europa League, con su sorprendente derrota 3-0 ante Atalanta en la final siendo su única derrota de toda la temporada.
El conocimiento táctico y la gestión de jugadores de Alonso han atraído el interés de los clubes más grandes de Europa. Liverpool y Bayern Múnich estaban interesados el verano pasado, pero los rechazó en favor de construir su proyecto en el BayArena. Sin embargo, las cosas podrían verse diferentes al final de la temporada actual.