San Diego FC es el equipo más nuevo de la MLS, habiendo sido fundado en mayo de 2023 después de que la liga decidiera otorgar al grupo de propietarios del club un equipo de expansión. Han ganado impulso rápidamente, con más de 5000 abonos de temporada vendidos un día después del anuncio.
En noviembre de 2024, Juan Mata se unió al grupo de propietarios del club y se convirtió en el primer jugador de fútbol activo en tener una participación accionaria en la MLS. El español es el segundo atleta profesional en el grupo de propietarios de San Diego y se une a la estrella de los San Diego Padres, Manny Machado.
En septiembre, San Diego FC anunció que Mikey Varas había sido nombrado el primer entrenador del club. Varas se une a San Diego después de haber servido recientemente como entrenador interino del equipo nacional masculino de Estados Unidos.
Además de su tiempo con el USMNT, Varas también fue entrenador del equipo nacional masculino U-20 de Estados Unidos, ayudando a EE. UU. a clasificarse para los Juegos Olímpicos al ganar el Campeonato Sub-20 de CONCACAF 2022. Varas también ha servido como scout del USMNT en la Copa del Mundo 2022, además de pasar tres años como entrenador asistente en el FC Dallas.