Durante sus tres temporadas con el Atleti, Witsel fue una figura confiable, especialmente en sus dos primeras campañas, haciendo 68 apariciones en La Liga en 78 partidos. Sin embargo, su papel se redujo en la temporada 2024-25, con Jose Maria Gimenez, Clement Lenglet y Robin Le Normand por delante de él en el orden de preferencia de Diego Simeone. La reconstrucción defensiva del Atlético, que incluía el fichaje permanente de Lenglet y nuevas incorporaciones como Marc Pubill y David Hancko, significó que su contrato no fue renovado. La oferta de Girona de un año adicional, combinada con la oportunidad de tener tiempo de juego regular, resultó ser el ajuste perfecto.