Durante cinco impresionantes temporadas con los Rossoneri, Hernández acumuló 262 partidos, marcó 34 goles y brindó 45 asistencias, una cifra destacable para un defensor. Sus actuaciones fueron clave en el resurgimiento del Milan, incluyendo la conquista de la Serie A en 2021-22 y la Supercopa de Italia en enero de 2025.