Las manos inocentes del sorteo fueron las de Joan Capdevila, determinando que una de las eliminatorias de campeones quedara compuesta por el Racing de Santander y el Atlético de Baleares, que jugarán primero en El Sardinero (25 o 26 de mayo) y después en Son Malferit (1 o 2 de junio). La otra eliminatoria es entre el Fuenlabrada y el Recreativo de Huelva: el partido de ida (25 o 26 de mayo) se jugará en el Fernando Torres y la vuelta en el Nuevo Colombino (1 o 2 de junio). Al mismo tiempo, se hizo el sorteo para la eliminatoria final entre campeones de Segunda División B: la ida se jugará en el Fernando Torres o en el Nuevo Colombino y la vuelta, en El Sardinero o Son Malferit.
Por otra parte, el Barakaldo, cuarto clasificado del grupo II, se enfrentará al Hércules, segundo clasificado del grupo III. El partido de ida será en Lasesarre y la vuelta en El Rico Pérez; en tanto que el Badajoz se enfrentará a la Unión Deportiva Logroñés y el Real Madrid Castilla hará lo propio contra el Cartagena, y el Cornellà se medirá con la Ponferradina.
El cruce entre terceros enfrentará al Atlético B con el Mirandés y al Villarreal B con el Melilla.