Excelsior was vanaf 1997 een satellietclub van Feyenoord. Dit houdt in dat Feyenoord tijdelijk spelers bij Excelsior onderbrachtt om hun de gelegenheid te bieden op een lager niveau wedstrijdervaring op te doen. Na het slechte seizoen 2004/2005, waarin de prestaties van een aantal bij Excelsior gestalde Feyenoordspelers én Feyenoordcoach John Metgod nogal tegenvielen, is de samenwerking steeds meer teruggelopen. Dat heeft ertoe geleid, dat er in het seizoen 2006/2007 nog maar één speler van Feyenoord bij Excelsior speelde. De samenwerking bestaat nu dus niet meer vooral uit het uitlenen van spelers, maar wordt op andere manieren ingevuld. Daarom is Excelsior vanaf 2006 geen satellietclub meer te noemen.

Na jarenlang in de Eerste divisie te hebben gebivakkeerd, kwam in 2001/2002 mede dankzij de samenwerking met Feyenoord de ommekeer voor de club en kwam Excelsior tot steeds betere prestaties, met promotie naar de Eredivisie als gevolg, in het jaar waarin de club 100 jaar bestond. Het avontuur op het hoogste niveau duurde echter slechts één seizoen, aangezien er meteen weer werd gedegradeerd. In het seizoen 2005/2006 streed Excelsior aanvankelijk onverwacht mee om de prijzen, maar werd het uiteindelijk wel kampioen in een competitie waarin VVV-Venlo op voorhand favoriet was. Het kampioenschap leverde de club opnieuw promotie naar de Eredivisie op. Excelsior eindigde in het seizoen 2006/2007 op de 16e plek van de Eredivisie en moest in de play-offs strijden tegen degradatie. Belangrijkste wapenfeiten in dat seizoen waren gelijkspellen tegen Ajax en PSV en de 3-2 winst op AZ in de spannende laatste competitieronde, waardoor AZ het kampioenschap misliep. De playoffs werden goed afgesloten, na BV Veendam (0-1 en 3-0) verslagen te hebben, werd RBC Roosendaal over 2 wedstrijden ook verslagen: in Roosendaal werd het 1-1 en in Rotterdam won Excelsior met 1-0, waardoor de Kralingers zich wisten te handhaven.

In 1974 was Excelsior die als eerste shirtsponsoring had in het Nederlands voetbal. De club droeg op de borst een grote A. Dit, naar de firma van suikeroom Rob Albers, Akai. Men zei dat de A verwees naar het A-elftal van Excelsior, maar toch werd de letter verboden. Pas in 1982 werd shirtreclame ingevoerd en verscheen Akai weer op de borst en zou daar tot 2000 op de borst prijken.