De club ontstond uit een fusie van Nijmegen en Eendracht. De clubkleuren zijn rood-groen-zwart (op volgorde.) De fusieclub speelde tot eind jaren dertig aan de Hazenkampseweg in Nijmegen, tegenwoordig in het moderne McDOS Goffertstadion. Dit stadion werd in januari 2000 in gebruik genomen. De oude Goffert moest daarvoor gesloopt worden. Het oude stadion dat in 1936 door Prins Bernard werd geopend, was niet meer berekend op haar taak, zo vonden de beleidsmakers van de Nijmeegse club. N.E.C. haalde vier keer de finale om de Nederlandse beker, maar won die nog nooit. In 1973 was NAC uit Breda te sterk, in 1983 Ajax, in 1994 Feyenoord en in 2000 Roda JC.

De club speelde twee maal Europees voetbal. De laatste keer in het seizoen 2003-2004. In het seizoen 2002-2003 behaalde de ploeg in de laatste minuut van de wedstrijd tegen RKC Waalwijk door een doelpunt van de Tsjech Jarda Simr de vijfde plaats in de eredivisie: de plek die recht gaf op Europees voetbal. N.E.C. werd in dat seizoen in de eerste ronde uitgeschakeld door Wisła Kraków. In 1983 was FC Barcelona in de tweede ronde van de Europa Cup II te sterk. In de thuiswedstrijd verraste de toentertijd eerstedivisionist door met 2-0 de leiding te nemen. Het Barcelona van Diego Maradona wist echter toch nog met 2-3 te winnen. Thuis boekten de Catalanen een 2-0 overwinning.

Sinds het seizoen 1994/95 speelt N.E.C. onafgebroken op het hoogste niveau en is een degelijke middenmoter. N.E.C. heeft meerdere (ex-)internationals onder contract: Babos (Hongarije) en Jonas Olsson (Zweden). Rutger Worm, Mark Otten en Ferne Snoyl speelden voor Oranje onder 21. De grootste rivaal van N.E.C. is Vitesse. De jaarlijkse twee wedstrijden in de 'Gelderse Derby' behoren dan ook tot de belangrijkste van het seizoen, vooral voor de supporters.

Na de vooral door de provinciale energieleverancier PGEM (het latere NUON) en de provincie Gelderland gefinancierde opmars van Vitesse eind jaren '80, sloeg de sportieve rivaliteit voor een deel van de wederzijdse aanhang helaas om in haat. De Nijmeegse aanhang kon het maar moeilijk verkroppen dat de rivaal uit Arnhem met overheidsmiljoenen gesteund werd. Toenmalig voorzitter Henk van de Water liet uit protest tegen de sponsoring van PGEM de lampen van het stadion tijdelijk doven voor een wedstrijd. Na de financiële instorting van Vitesse door de terugtrekking van NUON en provincie begin 2000 werden de verhoudingen enigszins genormaliseerd.