두번의 인터콘티넨탈 컵 우승, 챔피언스리그 4회 우승, UEFA 컵 1회 우승, 분데스리가 우승 20회, 13번의 독일 컵 우승..  화려한 역사를 자랑하는 바이에른 뮌헨은 자타가 공인하는 독일을 대표하는 최고 명문 클럽이다.  또한 11만여명의 멤버쉽 회원들을 보유, 바르셀로나에 이어 유럽 최대 규모의 멤버쉽 멤버들을 자랑한다.

바이에른 뮌헨은 1900년도에 설립, 1926년 바이에른 지역 리그에서 공식 첫 게임을 가졌다.

1963년, 독일 리그가 분데스리가로 개편됐을 당시 바이에른 뮌헨은 1부리그 멤버로 초대받지 못했고, 2년 후에, 프란츠 베켄바우어, 게르르 뮐러등을 앞세워 1부리그로 올라온다.

분데스리가로 승격된 첫 시즌, 바이에른 뮌헨은 리그 3위의 호성적을 거뒀고 독일 컵 우승을 가져갔다.

70년대 들어와 분데스리가는 바야흐로 '뮌헨 천하' 시대를 맞는다. 우도 라텍감독이 이끄는 뮌헨은 분데스리가 사상 첫 3연패의 위업을 달성했고 3년연속 유럽 챔피언스 컵 우승을 차지하며 그 절정을 맞는다.

1980년대에도 바에이른의 독주는 계속돼 10년간 7번의 리그 우승을 차지했다. 반면 유럽 무대에서의 성적은 썩 좋지 않았다.

1990년대 들어 바이에른 뮌헨의 재정 상태가 악화되며 클럽은 위기를 맞았고 1992년 시즌에는 간신히 강등을 모면하며 체면을 구겼다. 하지만 3년뒤, 프란츠 베켄바우어 감독을 앞세운 뮌헨은 화려하게 부활하며 다시금 정상의 자리에 올랐고, 이후 다시금 독주를 계속했다. 

1998년부터 2004년까지 바이에른 뮌헨의 지휘봉은 클럽 역대 최고 명장인 오트마르 히츠펠트감독이 맡게 된다. 히츠펠트가 부임한 첫해, 바이에른은 분데스리가 정상에 올랐고 챔피언스리그 준우승을 차지했다. 다음해 바이에른은 리그와 독일컵 타이틀을 차지하며 더블을 기록했고 2001년 다시금 리그를 제패, 3연패를 기록했다.

2005/06 시즌을 앞두고 클럽은 올림피크 스타디움을 떠나 알리안츠 아레나에 안착한다.

현재는 펠릭스 마가트 감독이 클럽의 지휘봉을 잡고 있고, 2005년과 2006년 연속으로 더블을 기록하며 여전한 '뮌헨 천하'를 이끌고 있다.