Le origini della squadra viola vengono datate 1898 quando viene creato il primo gruppo calcistico della città di Firenze chiamato "Florence Foot-Ball Club". Il club è aristocratico e chiuso per cui il popolo non aveva alcun interesse a seguirlo. Nel 1902 però un gruppo di giovani (tra cui Italo Capanni, Mario Meloni e un certo signor Galluzzi, fratello del futuro giocatore della Fiorentina) creò la "Itala F.C.": il campo da gioco si trovava a Campo di Marte. Nello stesso periodo nasce il "Club Sportivo Firenze" (1903), che inizialmente si dedicò solo al ciclismo ed altri sport minori e solo in seguito si occupò anche di calcio. Nel 1908, poi, nasce il "Firenze Football Club" tra i cui fondatori ci fu Oreste Gelli. Questa volta il campo da gioco era il Prato del Quercione, al Parco delle Cascine.

Nel 1910 la "Palestra Ginnastica Fiorentina Libertas" (fondata nel 1877) istituisce anche essa una sezione dedicata al calcio, nata in realtà per una scissione interna al "Firenze Football Club". Entrambi giocarono sul Prato del Quercione, ma i due terreni da gioco vennero separati da una corda sorretta da qualche picchetto piantato per terra. Il dissidio tra le due società crebbe: gli sportivi della Libertas venivano chiamati "ghiozzi rossi" a causa dei frequenti tuffi nel fosso che delimitava il campo, per recuperare il pallone e per la loro maglia di colore scarlatto che indossavano. Questi stessi furono sfrattati dalle Cascine e andarono presso il campo di via Bellini, inaugurato il 22 aprile 1922.

Alle fine le uniche squadre calcistiche che spiccavano a Firenze erano il "Club Sportivo Firenze" e la "Palestra Ginnastica Libertas". Nessuna delle due però era particolarmente brillante in campo nazionale. Per risolvere questo problema i due club sportivi pensarono di fare un sacrificio fondendo le due squadre per dare vita ad una nuova società che fosse più forte, sia come qualità che come fondi economici. Il 3 luglio 1926 (anche se, alcuni documenti, riportano la data del 7 luglio 1926) la PGF Libertas Firenze gioca la sua ultima partita ufficiale (ultima giornata del Campionato Nazionale di II Divisione) contro il Prato pareggiando per 1-1. La classifica finale consentì la promozione alla squadra fiorentina. Grazie alla promozione della PGF Libertas la Fiorentina poté iscriversi al Campionato di I Divisione Nazionale (Girone C), una sorta di Serie B dei giorni nostri.

La Fiorentina venne fondata il 26 agosto 1926 in uno studio notarile dalla fusione tra il "Club Sportivo Firenze" e la sezione calcio della "Palestra Ginnastica Libertas". Il primo presidente fu il Marchese Luigi Ridolfi, che rimase tale per quindici anni mentre il primo allenatore fu Karóly Csapkay. I colori sociali erano inizialmente gli stessi di Firenze: il bianco ed il rosso. La maglia da gioco era mezza bianca e mezza rossa anche se da Colle Val d'Elsa nel 1927 arrivarono le maglie a righe biancorosse (un dono fatto dai colligiani in onore dell'antica fratellanza Colle-firenze) che, secondo una leggenda, nel 1929 per un errato lavaggio portarono al colore viola. La squadra fu ammessa al girone C (anno 1926-27), ed esordì in campionato, e dunque in una competizione ufficiale, il 3 ottobre 1926, nel match casalingo contro il Pisa, terminato poi con una vittoria per 3-1. Quel campionato per la formazione biancorossa non fu particolarmente brillante, infatti la squadra si classificò al 6° posto su 10 squadre. L'anno successivo la squadra fu immessa nel girone D della prima divisione e alla fine del campionato si guadagnò il secondo posto in classifica, dietro al Bari.

La caratteristica maglia viola con il il distintivo a sinistra sul petto raffigurante il giglio rosso in campo bianco simbolo e stemma di Firenze (da cui l'aggettivo gigliati con cui i giocatori della squadra vengono spesso citati) fu indossata ufficialmente il 22 settembre 1929 in una amichevole con la Roma. Si dice che le maglie viola furono adottate per un caso fortuito: le maglie biancorosse vennero mal lavate da una lavandaia in un fiume, stingendo e assumendo un colore violaceo. In realtà pare che fu il marchese Ridolfi in persona a volere il cambio del colore nel viola come espressione cromatica del giglio fiorentino.

Nella sua prima stagione di serie B (campionato 1929-30) la Fiorentina si classificò quarta con 40 punti. Il campionato 1930-31 della serie B lo vinse proprio la Fiorentina che conquistò la vetta della classifica con 46 punti. Con la promozione in serie A il vecchio stadio che si trovava in via Bellini non era più adatto. Il nuovo stadio, voluto dal marchese Luigi Ridolfi (che nel frattempo aveva ripreso la presidenza della squadra dopo i fatti di Torre Annunziata del 1928), doveva sorgere alle Cascine, dove c'erano già diversi impianti sportivi. Successivamente però fu presa la decisione di costruirlo presso Campo di Marte, il quale offriva più spazio e più facilità di comunicazione essendo vicino alla ferrovia. Il progetto venne affidato all'architetto Pier Luigi Nervi. Inizialmente lo stadio fu intitolato a Giovanni Berta, un caduto fascista. Dopo la seconda guerra mondiale il nome fu cambiato semplicemente in "Comunale", mentre nel 1991 prese definitivamente il nome di "Artemio Franchi" in onore dell'ex presidente della FIGC oltre che dirigente della Fiorentina. Venne inaugurato il 13 settembre 1931; quel giorno fu disputata una gara amichevole arbitrata da Bevilacqua che oppose i gigliati agli austriaci dell'Admira di Vienna e che si concluse con la vittoria dei viola per 1-0 con la rete di Petrone. Le cronache dell'epoca ricordano che il pallone dell'incontro venne lanciato da un aeroplano che, pilotato dal pilota acrobatico fiorentino Vasco Magrini, sorvolò lo stadio prima dell'inizio dell'incontro.

Nella stagione 1955-56 la squadra gigliata ottiene il suo primo scudetto. Il presidente di allora, Enrico Befani, industriale tessile pratese, costruì un'ottima squadra, soprattutto con gli innesti dell'attaccante Miguel Montuori, argentino di origine sorrentina andato in Cile a cercare fortuna calcistica, e dell'asso brasiliano Julio Botelho, detto Julinho, i quali, con il loro estro e la tecnica sopraffina, fecero aumentare notevolmente la capacità offensiva del gioco. Il portiere era un giovanissimo Giuliano Sarti che in futuro avrebbe ricoperto quel ruolo nella leggendaria F.C. Internazionale degli anni '60.

Per la squadra allenata da Fulvio Bernardini con i gol di Montuori e di Giuseppe Virgili è una marcia trionfale; i viola perdono la loro unica partita in tutto il campionato proprio all'ultima giornata, sconfitti dal Genoa a Marassi per 3-1. Lo scudetto, conquistato con largo anticipo, era già stato festeggiato la domenica precedente, in occasione dell'ultima partita casalinga (4-1 alla Lazio), il 27 maggio. Nella stagione 1956-1957 la Fiorentina partecipò alla Coppa dei Campioni, e fu la prima squadra italiana a disputare una finale nel prestigioso torneo, precisamente nel 1957 contro il grande Real Madrid di Alfredo Di Stefano, perdendo 2-0 al Santiago Bernabéu di Madrid, ma uscendo a testa alta e condannata da alcuni episodi arbitrali sfavorevoli.

In campionato colleziona una serie di 4 secondi posti consecutivi, e nella stagione 1960-1961 è la prima squadra a vincere il trofeo della Coppa delle Coppe: nella prima edizione, batté in una doppia finale i favoritissimi scozzesi del FC Rangers di Glasgow, con la doppia vittoria per 2-0 e 2-1. Si ripete nella stagione seguente, giungendo di nuovo in finale contro un'altra squadra di rango, l'Atletico Madrid: nella prima gara riesce ad impattare per 1-1, e nella ripetizione viene travolta per 3-0 dai madrileni.

Nel 1968-69 la Fiorentina vince il suo secondo scudetto. Dopo una partenza in sordina, la Fiorentina si inserisce fra Milan e Cagliari e, perdendo una sola partita in tutto il campionato (3-1 con il Bologna), le stacca e non si fa più riprendere conquistando lo scudetto con una giornata di anticipo. Protagonisti principali di questa squadra furono Chiarugi, De Sisti, Amarildo, Esposito, Merlo, Maraschi, Ferrante, Brizi, Rizzo e Superchi, tutti sotto la guida dell'allenatore Bruno Pesaola.

Gli anni '70, se si esclude la vittoria della Coppa Italia nel 1975, sono abbastanza deludenti per la compagine viola. La Fiorentina staziona a metà classifica rischiando per ben due volte (1970/71 e 1977/78) la retrocessione in B.

Negli anni '80 subentra una nuova dirigenza, quella dei Pontello, costruttori edili a capo di una impresa multinazionale. Nel 1981 i Pontello attuano delle scelte discutibili, come il cambio dell'inno e, soprattutto, del giglio, simbolo della squadra, che creeranno non poche polemiche fra i tifosi, ma alternano colpi di mercato che portano in viola tanti campioni: arrivano Graziani e Pecci dal Torino, il centrocampista Bertoni dal Siviglia, il centrocampista rivelazione dal Monza Massaro e il massiccio difensore Vierchowod in prestito dalla Sampdoria; inoltre arrivano altri giocatori come Casagrande.

Tutta la squadra girava intorno all'immenso Antognoni ed avviò un'emozionante testa a testa con la Juventus. Il 9 ottobre 1981, il capitano Antognoni rischiò di morire in campo: partita Fiorentina-Genoa (per la cronaca 3-1 per i viola) al 57' minuto, il portiere Martina esce come uno spericolato e prende con le ginocchia il viso di Antognoni che rimane a terra privo di sensi. Il capitano viola rimarrà per 4 mesi fuori. All'ultima giornata, Fiorentina e Juventus erano appaiate a 44 punti e i viola giocavano a Cagliari mentre la Vecchia Signora era di scena a Catanzaro. A Cagliari Graziani aveva segnato dopo un'azione bellissima ma l'arbitro Mattei annullò il goal per fallo di Bertoni sul portiere sardo e la partita terminò in pareggio; la Juve, invece, vinse 1-0 a Catanzaro su rigore di Brady per fallo di mano di un difensore calabrese. I tifosi viola si consolarono con il motto destinato ad entrare nella storia calcistica di Firenze: "Meglio secondi che ladri!".

Il 1990 in Italia sarà ricordato per i Mondiali di Calcio disputati proprio nel nostro paese ma anche per la rivolta dei tifosi viola contro i Pontello riguardo la cessione di Baggio. La Fiorentina era intanto tornata nel grigiore dei vecchi tempi: la squadra lottava per la salvezza in campionato mentre si esaltava in Coppa UEFA. In finale, per la prima volta nella storia della manifestazione europea, arrivano due squadre italiane: la Fiorentina e la Juventus. Questa finale verrà ricordata per il fatto che non era mai successo che due squadre dello stesso paese si contendessero una Coppa. Durante la finale d'andata, la Fiorentina perse per 3-1 a Torino contro la Juve, ma questa partita si concluse immediatamente in un turbine di polemiche per l'arbitraggio contestatissimo di Soriano Aladren. Dichiarazioni di fuoco nel dopo-partita nei confronti dell'arbitro costarono alcune squalifiche importanti per la società viola che, pareggiando per 0-0 ad Avellino (in sostituzione di Firenze perché campo squalificato dopo la semifinale con il Werder Brema), consegnarono di fatto alla squadra juventina la Coppa UEFA. Ma i fiorentini erano più allarmati del fatto che Baggio potesse andarsene e di fatto il giorno dopo la finale di Coppa UEFA, i Pontello annunciarono la sua cessione alla squadra più odiata da Firenze, la Juventus. Inoltre i Pontello dichiararono che anche se Baggio era stato ceduto, loro sarebbero rimasti a Firenze. Il Popolo Viola scese in piazza a protestare e questo non fece altro che accelerare la trattativa di passaggio di presidenza dai Pontello ai Cecchi Gori.

Per consentire alla Fiorentina di risollevarsi dagli ultimi anonimi campionati, Cecchi Gori decise di fare una grande campagna acquisti, portando a Firenze campioni come Stefan Effenberg e Brian Laudrup dal Bayern Monaco. L'inizio della stagione non sembrava preludere a nulla di negativo, tutt'altro: la squadra veleggiava nella zona di alta classifica, si passava tra vittorie eclatanti (7-1 in casa contro l'Ancona) a sconfitte clamorose (3-7 in casa contro il Milan). La stagione sembrava continuare per il meglio, ma il 3 gennaio 1993 l'allenatore Radice fu inspiegabilmente e contro ogni buon senso esonerato da Vittorio Cecchi Gori (ancora vice-presidente) nel corso di un chiarimento nello spogliatoio viola. Varie sono le opinioni sul perché dell'esonero e soprattutto sul successivo crollo del cammino viola in campionato, ma molti credono che fu proprio il cambio d'allenatore a danneggiare pesantemente la squadra. In sostituzione di Radice arrivò Aldo Agroppi, ma la squadra non lo seguiva e smise di vincere. Dopo varie partite, Agroppi fu sostituito da Luciano Chiarugi che però nulla poté per salvare la Fiorentina. Il 6 giugno 1993, ultima giornata del campionato, Udinese e Fiorentina si contendevano un posto per rimanere in Serie A: la squadra viola giocava in casa contro un Foggia ormai salvo da tempo e l'Udinese era di scena a Roma. Purtroppo, la Fiorentina, seppur vincendo 6-2 contro il Foggia, non riuscì a salvarsi perché l'Udinese pareggiò con la Roma, tornando in Serie B dopo 54 anni.

Il 5 novembre 1993 scompare il famoso produttore cinematografico e da tre anni presidente della società viola Mario Cecchi Gori. Una folla immensa partecipa alle sue esequie e tributa un lunghissimo applauso. Il testimone della presidenza gigliata passa al figlio Vittorio.

Vittorio Cecchi Gori fu affiancato dalla madre Valeria, presidente onorario. Il nuovo presidente avrebbe ingaggiato successivamente grandissimi campioni come Francesco Toldo, Manuel Rui Costa, Andrei Kanchelskis, Enrico Chiesa, Edmundo, Anselmo Robbiati e soprattutto Gabriel Batistuta, autentico idolo e bandiera della squadra viola per nove anni. Il campionato di B del 1993/94, con Batistuta in attacco ed altri giovani validi, fu dominato dalla Fiorentina che vinse con varie giornate d'anticipo. Tornata in Serie A, la Fiorentina si rinforza acquistando vari giocatori, tra i quali spiccano Manuel Rui Costa, astro nascente del Benfica, e il neo campione del mondo Marcio Santos: il primo instaurerà un legame speciale coi tifosi, il secondo si rivelerà una delusione e verrà ceduto dopo soltanto un anno. Ma è soprattutto l'anno di Gabriel Batistuta, che diverrà capocannoniere del torneo e infrangerà il record di reti consecutive, tuttora suo. La Fiorentina si piazzerà 10ª in campionato a fine stagione.

Nella stagione 1995/96 la squadra si inserì da subito nei piani alti della classifica e a gennaio del 1996 sembrava che potesse lottare per lo scudetto insieme a Milan e Juventus, ma non avendo rinforzi adatti in panchina, la stagione si concluse con un ottimo 3° posto a pari merito con la Lazio di Zdenek Zeman. Nel finale di stagione, comunque, il traguardo più desiderato da tutti i tifosi fiorentini era ritornare a vincere la Coppa Italia dopo 21 anni dall'ultima conquistata nel 1975. Durante la finale d'andata giocata a Firenze, la Fiorentina sconfisse l'Atalanta per 1-0 con un goal di Batistuta da fuori area; nel ritorno a Bergamo, la formazione viola si impose per 2-0 con reti di Lorenzo Amoruso e ancora di Batistuta. La Coppa Italia era tornata finalmente a Firenze e memorabili furono i festeggiamenti, con la squadra che di ritorno da Bergamo con la Coppa si ritrova uno stadio con oltre 40.000 persone festanti alle 3:00 del mattino.

La stagione 1996/97 inizia in maniera eccelsa, con la vittoria in Supercoppa Italiana contro il Milan per 2-1 a San Siro con doppietta di Batistuta e goal di Savicevic per il Milan. La Fiorentina fu la prima squadra non scudettata a vincere questo trofeo. Si tentò di ripetere la stagione precedente in campionato, ma la squadra cominciò a deludere, mentre in Coppa delle Coppe, pur soffrendo, la formazione avanzava di turno e cominciava a pregustare la finale. Il cammino dei viola in Coppa s'interruppe in semifinale contro il Barcellona perché la squadra, pur pareggiando al Camp Nou per 1-1 con uno storico gol di Batistuta, perse in casa per 2-0 contro la formazione catalana e venne eliminata.

Nel campionato 1998/99 la Fiorentina, allenata da Giovanni Trapattoni, lotta a lungo per lo scudetto e si laurea Campione d'inverno, guidata soprattutto da un Batistuta in forma strepitosa: deve cedere il primato a febbraio, a causa di un infortunio del suo goleador. La squadra alla fine della stagione si piazza comunque terza, riuscendo ad accedere al terzo turno preliminare della UEFA Champions League. In ambito europeo, la Fiorentina viene cacciata dalla Coppa UEFA per una decisione tutt'oggi ritenuta iniqua e scandalosa della UEFA: vincente a Zurigo contro il Grasshoppers e in vantaggio a Salerno, fu estromessa perché dei tifosi salernitani, resisi ostili durante la partita in campionato a Firenze per degli scontri, gettarono in campo un petardo, colpendo tra l'altro l'attaccante viola Oliveira e non i giocatori svizzeri. Alla società viola, nonostante precedenti in senso contrario anche in campo internazionale, venne riconosciuta la responsabilità oggettiva, pur tra l'altro giocando in campo neutro per una squalifica del "Franchi" avvenuta 3 anni prima per degli oggetti gettati in campo.

Negli anni successivi al 2000 la Fiorentina attraversò un biennio doloroso, illuminato solo in parte dalla conquista della sesta Coppa Italia nel 2001. Nella stagione 2001/02 la squadra viola retrocesse in Serie B dopo nove anni. A nulla valsero l'esonero di Mancini, cui subentrò Ottavio Bianchi, e i gol del giovane centravanti Adriano, che non bastò per evitare il penultimo posto finale. Durante l'annata vennero portati i libri contabili dell'AC Fiorentina in tribunale, mentre nell'estate 2001 erano stati venduti i giocatori più rappresentativi, su tutti Batistuta (tuttora con 152 reti il primatista di reti segnate in Serie A con la maglia viola), Rui Costa, Toldo. Dopo la retrocessione il 1° agosto la FIGC, al termine della riunione, escluse dal campionato di Serie B la AC Fiorentina per un passivo di 22.000.000 di euro non colmato. Il tribunale civile di Firenze decretò il fallimento della AC Fiorentina Spa, con la Ternana che veniva così ripescata in Serie B.

Grazie all'opera del sindaco Leonardo Domenici e dell'assessore allo sport Eugenio Giani, che fondarono nell'agosto del 2002 la società Fiorentina 1926 Florentia, Firenze non rimase senza calcio. Il nome della nuova società diventò poi Florentia Viola quando fu rilevata dall'imprenditore Diego Della Valle. Con questo nome, nella stagione 2002/03, venne dunque iscritta al campionato italiano di calcio di serie C2, girone B. La squadra, nella quale decise di continuare a giocare in segno di grande attaccamento a Firenze il capitano Angelo Di Livio, riuscì a vincere il proprio girone, grazie anche ai 30 gol del bomber Riganò, ottenendo la promozione in C1. Successivamente il proprietario Diego Della Valle, acquistando il logotipo della vecchia Fiorentina e il nome, riuscì a riportare in vita l'antica società calcistica fiorentina, anche se dovette chiamarla "ACF Fiorentina" per problemi legali dovuti a delle scissioni che Cecchi Gori aveva fatto del marchio. Il 19 maggio 2003 la Florentia Viola torna ad assumere la denominazione Fiorentina. Al termine di un'estate caldissima del calcio italiano tempestata da ricorsi ai Tar, retrocessioni a tavolino, ripescaggi e inchieste varie, la ACF Fiorentina venne ammessa direttamente al campionato di serie B 2003/04 (occasionalmente allargato a 24 squadre) per meriti sportivi, al posto del fallito Cosenza e insieme alle retrocesse Catania Calcio, Genoa CFC e Salernitana Sport.

Il campionato di serie B, intrapreso con una rosa di giocatori prevista per la C1, si svolse per la prima metà con mediocri risultati e a inizio Gennaio 2004 la società decise di esonerare Alberto Cavasin ma, con l'arrivo dell'allenatore Emiliano Mondonico la Fiorentina inanellò una serie strabiliante di risultati positivi che la portò a fine campionato al sesto posto in classifica e a guadagnare un insperato spareggio promozione con il Perugia Calcio classificatosi quartultimo in serie A. Nella prima partita giocata a Perugia la Fiorentina si impose per 1-0 con goal di Fantini e, con il pareggio per 1-1 nel ritorno a Firenze, conquistò in uno Stadio Artemio Franchi di Firenze strapieno ed impazzito di gioia la tanto agognata e meritata promozione in serie A.

Nella prima annata in serie A, nonostante un organico rafforzato nel mercato estivo dagli arrivi di Miccoli, Obodo, Jorgensen, Maresca, Ujfalusi e Lupatelli, ma con molti giocatori ancora della C2, la squadra visse momenti di grossa difficoltà. Emiliano Mondonico rimase alla guida dei viola fino alla settima giornata poi venne esonerato dopo alcune dichiarazioni non condivise dalla società e sostituito da Sergio Buso fino ad allora allenatore dei portieri viola ma, visti gli scarsi progressi della squadra, venne anch'egli esonerato ed al suo posto subentrerò l'ex portiere ed allenatore della nazionale italiana Dino Zoff. Fino alla fine del girone d'andata la squadra era in lotta per un posto in Coppa UEFA ma una serie di 4 sconfitte consecutive la fecero precipitare nell'orlo della retrocessione. La salvezza arrivò all'ultimo minuto dell'ultima giornata, con ben 9 squadre coinvolte a 90' dalla fine nella lotta per non retrocedere. Grazie al 3-0 sul Brescia in un Artemio Franchi esaurito, e i contemporanei pareggi di Bologna e Parma (condannate allo spareggio) la squadra viola riuscì a scacciare lo spauracchio della quarta retrocessione.

Nel tentativo di non ripercorrere la traumatica stagione, nell'estate del 2005 la squadra si è notevolmente rinforzata, soprattutto sul piano societario, con gli arrivi del direttore sportivo Pantaleo Corvino e dell'allenatore Cesare Prandelli. Nonostante le cessioni di Miccoli, Chiellini, Maresca e Obodo durante il mercato estivo la rosa della Fiorentina viene arricchita da giocatori del calibro di Pancaro, Toni, Fiore, Frey, Pazienza, Montolivo, Brocchi, Di Loreto e Pasqual. Eccezionale la prima parte di stagione: la Fiorentina veleggia nelle prime posizioni di classifica, affermandosi come squadra rivelazione del campionato e lottando per un posto nelle coppe europee. Al termine dell'anno solare la squadra si ritrova così al quarto posto, con Luca Toni capocannoniere con 16 reti all'attivo e primo giocatore della Fiorentina a segnare una tripletta in nazionale, contro la Bielorussia. Nel finale di stagione la Fiorentina resiste al prepotente ritorno della AS Roma (11 vittorie consecutive, record assoluto poi superato pochi mesi dopo dall'Inter) e conquista il quarto posto, valido per affrontare i preliminari di Champions League.

In estate, però, la Fiorentina rimane invischiata nel processo di Calciopoli, con l'accusa di illecito sportivo per i suoi vertici societari. Il processo si svolge in due gradi di giudizio: alla CAF la Fiorentina viene condannata alla retrocessione in serie B con 12 punti di penalizzazione da scontare nel campionato successivo. La Corte Federale della FIGC, però, rivede poi le decisioni, condannando la Fiorentina a una penalizzazione di 30 punti nel campionato 2005-2006, facendole così perdere la qualificazione sia alla Champions League che alla Coppa UEFA, cui si aggiunge una partenza ad handicap (-19 punti) per la stagione 2006-2007. L'arbitrato del CONI, successivamente, riduce la penalizzazione sul campionato 2006-2007 a 15 punti, stabilendo che la responsabilità della società nell'illecito sportivo relativo alla partita Lecce-Parma (il solo ancora contestato) è solo presunta (in quanto tale illecito è stato compiuto da persone estranee alla società).

Il 9 settembre 2006 inizia il campionato 2006/07, il primo senza la Juventus, e la Fiorentina perde in casa per 2-3 contro la temutissima Inter. Si crede in un riscatto ma la Fiorentina perde anche a Livorno per 1-0 con un goal del solito Lucarelli; si vocifera un possibile esonero di Cesare Prandelli ma tutto questo viene zittito con la prima vittoria in campionato contro il Parma per 1-0 con rete di Adrian Mutu. Nonostante la fortissima penalizzazione e una partenza a stento, con tre sconfitte (Inter in casa, Livorno e Udinese fuori) e una sola vittoria nelle prima quattro partite del campionato 2006/07, la Fiorentina dopo la sconfitta in casa contro il Palermo riesce poi a riprendersi ed a rilanciarsi in campionato, colmando il gap della penalizzazione ed arrivando, nel periodo pre-natalizio, a ridosso della metà della classifica. Nel girone di ritorno la squadra viola ha proseguito la sua scalata in classifica, giungendo a conquistare, nonostante la suddetta penalizzazione di 15 punti, il quinto posto in classifica a pari punti col Palermo, seppur con peggiori risultati negli scontri diretti contro i siciliani. In tal modo si è garantita un posto in coppa Uefa, grazie alla miglior difesa in assoluto del torneo, con soltanto 31 reti subite, e il terzo miglior attacco della Serie A, con 62 reti segnate.

Per la stagione 2007-2008 sono acquistati Federico Balzaretti dalla Juventus, Anthony Vanden Borre dall'Anderlecht, Pablo Daniel Osvaldo dall'Atalanta. Il 15 luglio 2007 sono conclusi, dopo complesse trattative, gli ingaggi di Franco Semioli dal ChievoVerona e del 34enne Christian Vieri. Per quanto riguarda le cessioni, si decide sul futuro di Valeri Bojinov, che alla fine sarà acquistato dal Manchester City per 8 milioni. Sono ceduti anche Reginaldo, al Parma, e Manuele Blasi, al Napoli. Durante la prima parte del campionato, che inizia il 26 agosto con la Fiorentina vittoriosa per 3-1 contro l'Empoli nel derby toscano, i viola beneficiano anche dei gol di Christian Vieri e, potendo fare affidamento su un impianto di gioco collaudato, lottano per la qualificazione in UEFA Champions League. Nel calciomercato di gennaio 2008 la dirigenza preleva in comproprietà Papa Waigo dal Genoa in cambio di Vanden Borre, Daniele Cacia dal Piacenza (sempre in comproprietà) e il giovane Manuel da Costa dal PSV. Michele Pazienza passa a titolo definitivo al Napoli, Federico Balzaretti passa sempre a titolo definitivo al Palermo e Arturo Lupoli è ceduto in prestito al Treviso.

La Fiorentina gareggia con il Milan per ottenere il quarto posto valido per la qualificazione ai preliminari di UEFA Champions League. Il 2 marzo riesce a vincere contro la Juventus (storica rivale) a Torino, imponendosi per 2-3 dopo quasi 20 anni. Il successo è accolto con festeggiamenti e caroselli al ritorno dei giocatori a Firenze. Alla fine i viola si qualificano per la Champions League a svantaggio del Milan, tornando nella massima competizione calcistica europea per club dopo otto anni. In ambito europeo i viola ottengono una storica qualificazione alle semifinali di Coppa UEFA eliminando nei quarti di finale il PSV Eindhoven (1-1 al Franchi e vittoria per 2-0 al Philips Stadion). Mutu, con 6 gol, eguaglia Kurt Hamrin e Gabriel Omar Batistuta, migliori marcatori della Fiorentina in una stagione di una competizione europea. L'andata contro il Rangers all'Ibrox Stadium termina con il punteggio di 0-0. Al ritorno lo stesso risultato si protrae fino alla fine dei tempi supplementari . Ai tiri di rigore la spuntano gli scozzesi: dopo il primo tiro di Barry Ferguson parato da Frey, Fabio Liverani e Christian Vieri sbagliano i rigori, permettendo così ai Rangers di raggiungere la finale di Manchester poi persa contro lo Zenit San Pietroburgo.

La stagione 2008/2009 inizia coi preliminari di Champions League, che la Fiorentina supera eliminato lo Slavia Praga e facendo così ritorno dopo 8 anni nella fase finale della competizione continentale. In campionato, al termine del girone di andata di campionato la Fiorentina staziona al 6º posto in classifica. Eliminata dalla Champions League, la Fiorentina viene ammessa alla Coppa UEFA grazie al terzo posto conseguito nella fase a gironi. Al sorteggio ai viola viene assegnato l'Ajax, uno dei club più competitivi della coppa. In casa i viola giocano una buona partita ma non finalizzano e perdono 1-0; al ritorno in Olanda Gilardino apre le marcature illudendo la Fiorentina, che subisce all' 88esimo minuto un gol di Leonardo  ed esce dalla competizione. Dopo l'uscita di scena sia dalla Coppa Italia sia dalle coppe europee, al club rimane l'obiettivo del quarto posto in campionato, e comincia così, per tutto il girone di ritorno, un estenuante testa a testa tra la squadra viola e il Genoa di Gasperini rivelazione del campionato. Con una Serie di 7 vittorie in 8 gare dalla 28ª giornata alla 36ª giornata, la Fiorentina va a Lecce alla 37a e con il pareggio è qualificata matematicamente alla Champions League. L'ultima giornata di campionato mette di fronte Fiorentina e Milan al Franchi. La partita finisce 2-0 per i rossoneri, che vanno quindi direttamente in Champions League, mentre i viola devono passare l'ostacolo dei preliminari.

Nella stagione successiva, la Fiorentina accede ai gironi della UEFA Champions League dopo aver battuto lo Sporting Lisbona grazie alla regola dei goal in trasferta. Il girone dei viola include Lione, Liverpool e Debreceni. Il mercato non ha convinto però i tifosi che hanno protestato fino a suscitare l'ira di Andrea della Valle, che ha convocato un CdA straordinario per il 24 settembre, nel quale decreta le sue dimissioni, che inizialmente si credeva fossero a causa di un riassestamento del gruppo Tod's, mentre lui stesso in una lettera ai tifosi, ha detto che le sue dimissioni sono dovute ai malumori del pubblico. Il 24 novembre 2009  la Fiorentina compie un'impresa storica passando il girone della Champions con un turno d'anticipo grazie alla vittoria per 1-0 contro il Lione a Firenze ed eliminando matematicamente il Liverpool. Giocherà gli ottavi di finale contro il Bayern Monaco. Il 28 gennaio Adrian Mutu viene trovato positivo all'antidoping, precisamente alla sibutramina, uno stimolante che annulla gli effetti della fame, test effettuato dal CONI, per la gara Fiorentina Bari terminata 2-1, con Goal dello stesso Mutu. Il 17 febbraio 2010 disputa l'andata degli ottavi di finale di Champions League contro il Bayern Monaco all'Allianz Arena, perdendo 2-1. Il 9 marzo 2010 gioca il ritorno e vince 3-2 contro il Bayern Monaco, ma questo risultato non basta per passare il turno: vanno avanti i bavaresi. Il 30 marzo, Diego Della Valle, si dimette da Presidente onorario. Da quel momento solo sconfitte e pareggi catapultano i viola in 11esima posizione a fine campionato. Nondimeno l'eliminazione in semifinale di Coppa Italia, unica speranza per accedere in campo europeo per la stagione 2010/11. Al termine della stagione, dopo un lungo tira e molla tra la proprietà e lo staff tecnico, Cesare Prandelli rescinde il suo contratto che lo legava al club viola fino al 2012, accettando la proposta della FIGC  che lo avrebbe investito, al termine del Campionato Mondiale di calcio 2010, nuovo commissario tecnico della nazionale italiana. Al posto di Prandelli, il 3 giugno 2010 viene annunciato nuovo mister della Fiorentina il serbo Siniša Mihajlović, proveniente da un'esaltante stagione sportiva come tecnico del Catania. Dopo una stagione fatta di alti e bassi, la Fiorentina termina il campionato al nono posto. Nella stagione successiva la partenza non è delle migliori e, dopo una serie di risultati negativi e la contestazione della tifoseria, Mihajlovic viene esonerato il 7 novembre 2011, con la panchina che viene affidata a Delio Rossi. Sotto la guida dell'ex tecnico del Palermo la viola fatica fino al termine della stagione e lo stesso allenatore è costretto a lasciare, a poche giornate dalla fine, dopo la rissa in campo con Adem Ljajic dopo una sostituzione.

Fonte: Wikipedia, l'Enciclopedia Libera